ふるさと納税のやり方と確定申告｜ワンストップ特例と限度額の考え方を解説

ふるさと納税をしたものの、「確定申告とワンストップ特例のどちらを選べばいいのか」「限度額はいくらまでか」「結局いつ・どこから税金が戻るのか」が分からず、手続きを後回しにしている方は少なくありません。せっかく寄附しても、申告を忘れたり書類が足りなかったりすると、自己負担が2,000円で済むはずが、控除を受けられず丸ごと持ち出しになってしまうこともあります。

この記事では、ふるさと納税の仕組みと控除の考え方を整理したうえで、確定申告とワンストップ特例の違い、自分はどちらを使うべきかの判断基準、そして確定申告のやり方を5ステップで解説します。よくある失敗とチェックリスト、控除がきちんと効いているかの確認方法まで、ひととおりまとめました。会社員の方にも個人事業主の方にも役立つはずです。

ふるさと納税の仕組みは「寄附で税が控除され、自己負担は2,000円」

ふるさと納税は、応援したい自治体へ寄附すると、一定の限度額まで「寄附額から自己負担2,000円を引いた額」が所得税と翌年度の住民税から控除される制度です。 名前は「納税」ですが、実態は自治体への寄附。寄附金控除という税の仕組みを使っています。

まずは要点を先に整理しておきましょう。

• 自治体への寄附額のうち、2,000円を超える部分が控除の対象になる
• 控除は所得税（その年分）と住民税（翌年度分）に分かれて反映される
• 限度額の範囲内なら、実質的な自己負担は2,000円で済む
• 控除を受けるには、確定申告かワンストップ特例のどちらかの手続きが必要

たとえば限度額の範囲内で30,000円を寄附したとしましょう。この場合、自己負担2,000円を引いた28,000円が、所得税と住民税から差し引かれます。つまり限度額の範囲で寄附すれば、実質2,000円の負担で各地の返礼品を受け取れるわけです。

ここで大切なのは、寄附しただけでは税金は戻らず、確定申告かワンストップ特例のどちらかの手続きをして初めて控除が受けられる点です。 手続きを忘れてしまうと、寄附した金額はそのまま自己負担になってしまいます。

参考：国税庁「ふるさと納税をされた方へ」

ふるさと納税の控除額は3つの合計で決まる

確定申告でふるさと納税の控除を受けると、控除額は「所得税分」「住民税の基本分」「住民税の特例分」の3つの合計になります。 どこからいくら戻るのかを知っておくと、後で控除を確認するときに役立つでしょう。

総務省が示している計算の考え方は、次のとおりです。

3つを合計すると、限度額の範囲内であれば「ふるさと納税額 − 2,000円」が控除され、自己負担は2,000円に収まります。 ただし住民税の特例分には上限があり、住民税所得割額の概ね2割までとされている点に注意しましょう。この上限を超えて寄附すると、超えた分は控除されず、自己負担が増えてしまいます。これが、いわゆる限度額の正体です。

なお所得税率は所得に応じて変わるため、同じ寄附額でも「所得税から戻る分」と「住民税から引かれる分」の割合は人によって異なります。とはいえ、合計の控除額自体が変わるわけではありません。

参考：総務省「ふるさと納税における控除」

ふるさと納税の控除限度額の考え方｜年収・家族構成・他の控除で変わる

控除の上限額（限度額）は、寄附する年の所得・家族構成で決まります。寄附自体に上限はないものの、控除される税額のほうに上限がある、と理解するのが正確でしょう。 限度額を超えて寄附した分は控除されず、自己負担になってしまいます。

限度額を考えるうえで押さえておきたいのは、次の点です。

• 限度額は寄附する年（1月1日〜12月31日）の所得や家族構成で決まる
• 目安は住民税所得割額の概ね2割（特例分の上限）
• 医療費控除や住宅ローン控除など他の控除があると、限度額は下がることがある
• 早見表は「目安」であり、自分の条件での計算が確実

総務省はふるさと納税のしくみのページで、年収と家族構成に応じた控除上限額の目安を示しています。まずはこうした目安や各サイトのシミュレーションを使って、おおよその限度額をつかんでおくのが現実的でしょう。

限度額は「他の控除」と連動して下がることがある

見落としがちなのが、医療費控除・住宅ローン控除・iDeCo（小規模企業共済等掛金控除）などを使うと、ふるさと納税の限度額が下がる場合があるという点です。 なぜなら、これらの控除で課税所得や住民税所得割が減ると、特例分の上限（住民税所得割額の概ね2割）も連動して下がるからです。

住宅ローン控除を初めて受ける年や、医療費が多くかかった年は要注意。例年と同じ感覚で寄附すると、限度額を超えてしまうことがあります。他に大きな控除を予定している年は、限度額を少し低めに見積もって寄附しておくと、自己負担が2,000円を超える事態を避けやすくなるでしょう。 正確な限度額が気になる場合は、税理士など専門家に自分の条件で試算してもらうと安心です。

参考：総務省「ふるさと納税における控除」

ワンストップ特例と確定申告の違いと、自分はどちらを使うべきか

ふるさと納税の控除を受ける方法は、ワンストップ特例と確定申告の2つです。 どちらでも最終的な控除総額はほぼ同じになりますが、使える条件と控除の反映先が違ってきます。

まずは2つの違いを整理してみましょう。

控除の反映先は違っても、限度額の範囲内であれば、最終的に受けられる控除の総額はほぼ同等になるのが一般的です。 ワンストップ特例には所得税からの還付がなく、その分も含めて住民税から控除される、という違いだと理解しておけば問題ないでしょう。

会社員か個人事業主か、寄附先の数、他に申告するかで選ぶ

どちらを使うべきかは、(1)確定申告が必要な事情があるか、(2)寄附先が5団体以内か、(3)他に申告したい控除があるか、の3点で判断できます。 順に当てはめていけば、自分がどちらを使うべきかは自ずと決まります。

会社員で寄附先が少なく、他に申告することがなければ、ワンストップ特例が手軽でしょう。 一方、個人事業主・フリーランスはそもそも事業所得を確定申告するため、原則ワンストップ特例は使えません。ふるさと納税も確定申告に含めることになります。会社員であっても、医療費控除や住宅ローン控除の初年度などで確定申告をするなら、ふるさと納税は合わせて申告しましょう。

参考：総務省「ふるさと納税での手続き」

ふるさと納税の確定申告のやり方は5ステップ

確定申告でふるさと納税の控除を受ける流れは、書類を準備して申告書を作り、寄附金控除の欄に記入して提出し、控除を確認する、という5ステップで進みます。 順を追っていけば、決して難しくはありません。

確定申告の流れは、次の5ステップです。

• ステップ1：寄附の証明書を集める
• ステップ2：確定申告書を作成する
• ステップ3：寄附金控除の欄に記入する
• ステップ4：提出する（e-Tax・郵送・窓口）
• ステップ5：控除されたかを確認する

ステップ1：寄附金受領証明書などの必要書類をそろえる

まず、寄附を証明する書類をそろえましょう。 必要になるのは、次の2系統です。

寄附ごとに自治体から届く「寄附金受領証明書」を集める方法のほか、令和3年分以後の確定申告では、ポータルサイトなどの特定事業者が発行する年間寄附額をまとめた「寄附金控除に関する証明書」も使えます。こちらは1枚にまとまるため、複数の自治体に寄附した場合は集計の手間がぐっと減るでしょう。

参考：国税庁「特定事業者が発行する「寄附金控除に関する証明書」について」

ステップ2：確定申告書を作成する

書類がそろったら、いよいよ確定申告書の作成です。 国税庁の確定申告書等作成コーナーを使えば、画面の案内に沿って入力するだけで、税額は自動で計算されます。給与所得者なら源泉徴収票、個人事業主なら事業所得の決算（収支内訳書・青色申告決算書）をもとに、所得を入力していきましょう。

ステップ3：寄附金控除の欄にふるさと納税額を記入する

ふるさと納税の記入で特に大切なのは、確定申告書第二表の2か所を書き漏らさないことです。 国税庁によれば、記入する欄は次のとおりとなっています。

「都道府県、市区町村への寄附（特例控除対象）」欄への記載を忘れると、住民税の特例分が正しく反映されないことがあります。だからこそ、必ず両方に記入してください。 個人事業主・フリーランスの方も、事業所得の申告書のこの欄に同じように記入しましょう。

参考：国税庁「No.1155 ふるさと納税(寄附金控除)」

ステップ4：e-Tax・郵送・窓口で提出する

作成した申告書は、e-Tax（電子申告）・郵送・税務署窓口のいずれかで提出します。 マイナンバーカードとスマートフォン（またはICカードリーダー）があれば、e-Taxで自宅から提出でき、添付書類の一部も省略できます。

電子化のポイントも押さえておきましょう。特定事業者が発行する「寄附金控除に関する証明書」の電子データは、XML形式での提出が必要で、確定申告書等作成コーナーで読み込めます（PDFは不可）。さらにマイナポータル連携を使えば、証明書等のデータをマイナポータル経由で取得し、申告書の該当項目へ自動入力できるため、紙の受領証明書を1枚ずつ入力する手間も省けます。

参考：国税庁「特定事業者が発行する「寄附金控除に関する証明書」について」

ステップ5：控除されたかを確認する

提出して終わりにせず、控除がきちんと効いているかを後から確認しましょう。 所得税分は還付として戻り、住民税分は翌年度の住民税から差し引かれます。還付額と住民税決定通知書を見れば、控除が反映されたかどうかを確かめられます。

ふるさと納税の確定申告で押さえる注意点

ここまでの手順を踏まえて、つまずきやすい注意点を整理しておきましょう。多くの失敗は、特別なトラブルではなく、ルールを知らないまま手続きを進めたときに起きるものです。

特につまずきやすいのは、次の3点です。

• 確定申告をすると、申請済みのワンストップ特例はすべて無効になる
• 寄附先が6団体以上なら確定申告が必要
• ワンストップ特例の申請期限は翌年1月10日必着

確定申告するとワンストップ特例は「すべて」無効になる

最も注意したいのが、確定申告を行うと、それまでに申請したワンストップ特例がすべて無効になるという点です。 国税庁も、確定申告を行う場合はワンストップ特例の申請が無効となるため、その分も含めて寄附金控除を計算する、としています。

ありがちなのは、ワンストップ特例を申請して安心していたところ、後から医療費控除や住宅ローン控除（1年目）のために確定申告をするケース。このときワンストップ特例で申請した寄附を確定申告に入れ忘れると、その分の控除が受けられず「二重に損」をしてしまいます。確定申告をするなら、ワンストップ特例で申請した分も含めて、すべての寄附を確定申告に記入し直してください。

参考：国税庁「No.1155 ふるさと納税(寄附金控除)」

6団体以上・期限切れは確定申告で控除を受ける

寄附先が6団体以上になった場合や、ワンストップ特例の申請が間に合わなかった場合でも、確定申告をすれば同じく控除を受けられます。 ワンストップ特例は5団体以内が条件で、申請期限は寄附した翌年の1月10日必着。この枠に収まらないなら、確定申告に切り替えればよいのです。

期限を過ぎても、あきらめる必要はありません。確定申告（給与所得者で還付になる場合は還付申告）をすれば、ふるさと納税の控除はきちんと受けられます。還付申告は寄附した年の翌年1月から5年間さかのぼって行えるため、過去に手続きを忘れていた分も、期間内なら申告できるのです。 「ワンストップの期限を過ぎたから今年は損」と思い込まず、確定申告という救済ルートを覚えておきましょう。

参考：総務省「ふるさと納税での手続き」

ふるさと納税の確定申告でよくある失敗と防ぎ方

ここまでの注意点は、裏を返せば「失敗が起きやすい場所」とも言えます。よくある失敗の多くは、手続き前のひと確認で防げるものです。

どれも「手続きの仕組みを知らないまま進めた」ときに起こりがちなものばかりです。 寄附する前に自分がどちらの方法を使うかを決め、必要書類と期限を押さえておけば、こうした失敗はおおむね避けられるでしょう。

控除が正しく効いたかは「還付」と「住民税決定通知書」で確認する

手続きをしたら、所得税の還付と翌年6月以降の住民税で、控除が正しく反映されたかを確認しましょう。 申告して終わりにせず、ここまでやって初めて手続きは完了します。

確認のタイミングと方法は、次のとおりです。

特に確認したいのが、毎年6月ごろに勤務先や自治体から届く「住民税決定通知書」です。 ここに住民税の控除（税額控除）が反映されているかを見れば、ふるさと納税が住民税に効いているかどうかが分かります。ワンストップ特例を使った場合は所得税の還付がなく、住民税のみで控除されるため、この通知書での確認が中心になるでしょう。

もし金額が想定と大きく違っていたら、限度額を超えていなかったか、記入漏れがなかったかを振り返ってみてください。不明点は自治体や税務署に確認するのが確実です。

参考：総務省「ふるさと納税における控除」

【チェックリスト】ふるさと納税の確定申告で確認すること

ここまでのポイントは、手続き前後の点検にそのまま使えます。寄附する前と申告する前に、次のリストで抜け漏れを確かめておけば、控除の取りこぼしを防げるでしょう。

まずは領域ごとに、見るべき観点を整理しておきます。

続いて次の項目を、自分の状況に当てはめながら点検してみてください。

このチェックは、申告前と控除の確認時の両方で見直しておくと、より確実になります。 特に他の控除がある年や個人事業主の方は、限度額と記入漏れにくれぐれも注意しておきましょう。

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まとめ

ふるさと納税は、限度額の範囲内なら自己負担2,000円で寄附でき、所得税と住民税から控除を受けられる制度です。ただし控除を受けるには、確定申告かワンストップ特例のどちらかの手続きが欠かせません。会社員で寄附先が5団体以内・他に申告がなければワンストップ特例が手軽でしょう。一方、個人事業主や6団体以上の寄附、医療費控除など他の申告がある人は確定申告を選びます。確定申告では第二表の寄附金控除欄と特例控除対象欄への記入を忘れないこと。そして確定申告をするとワンストップ特例が無効になる点に注意しつつ、最後は所得税の還付と住民税決定通知書で控除を確認しましょう。

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