医療費控除のやり方｜対象になる費用・計算方法・確定申告での申請を解説

「去年は入院や通院で医療費がかさんだから、医療費控除で少しでも取り戻したい」。そう思いながらも、何が対象になるのか、いくら戻るのか、どこで手続きするのかが分からず、結局そのままにしている方は少なくありません。会社員の場合は年末調整で医療費控除を受けられず、自分で確定申告をする必要があります。この入口でつまずいてしまう人もいるでしょう。

この記事では、医療費控除のやり方を、対象になる費用とならない費用、控除額の計算方法、確定申告での申請手順という流れで整理します。あわせて、セルフメディケーション税制との使い分け、家族の医療費を合算するときの考え方、よくある集計漏れの防ぎ方、申告前のチェックリストまでまとめました。給与所得者にも個人事業主にも役立つ内容です。

医療費控除とは「1年間に払った医療費が一定額を超えると受けられる所得控除」

医療費控除とは、1月1日から12月31日までの1年間に支払った医療費が一定額を超えたとき、その超えた分を所得から差し引ける所得控除です。 所得が減れば、所得税と翌年度の住民税が軽くなります。

ここでまず押さえておきたいのが、給与所得者の入口でしょう。会社員やパートなど給与をもらっている人は、年末調整では医療費控除を受けられず、自分で確定申告（還付申告）をする必要があります。 会社が処理してくれる生命保険料控除などとは違い、医療費控除は本人が申告して初めて使える控除なのです。ここを知らずに「会社がやってくれているはず」と思い込み、申告し忘れるケースが目立ちます。

対象になるのは、自分のために支払った医療費だけではありません。自己または「生計を一にする」配偶者やその他の親族のために支払った医療費も合算できます。 同居の家族はもちろん、仕送りで生活している離れて暮らす親なども、生計が一つであれば対象に含められます。

医療費控除と年末調整・確定申告全体の関係は、次のように整理できます。

参考：国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」

医療費控除の対象になる費用・ならない費用は「治療目的かどうか」で分かれる

医療費控除の対象になるかどうかを分ける一番の軸は、その支出が「治療のため」か「予防・健康増進・美容のため」かです。 治療に必要な支出は対象になり、病気の予防や健康づくり、美容のための支出は原則として対象外になります。

判断に迷いやすい費用を、対象になるもの・ならないものに分けると次のようになります。

健康診断や人間ドックの費用は、原則として対象になりません。ただし一般に、その健診で重大な病気が見つかり、引き続き治療を受けることになった場合は、健診費用も治療に関連するものとして対象に含められることがあります。判断に迷うときは、最新の取り扱いを国税庁の情報で確認すると確実でしょう。

対象か迷う費用は、良い例と注意したい例で見比べると整理しやすくなります。

確認のしかたとしては、「医師の診断や指示にもとづく治療か」「予防や美容が主な目的になっていないか」を基準に考えると判断しやすくなります。 通院のタクシー代のように、原則は対象外でも、症状から公共交通機関を使えない事情があれば対象になりうる費用もあります。個別の判断に迷う場合は、領収書を残したうえで税務署や税理士に確認するのが安全です。

参考：国税庁「No.1122 医療費控除の対象となる医療費」

医療費控除額の計算方法は「支払った医療費－保険金等－10万円」

医療費控除額は、1年間に実際に支払った医療費の合計から、保険金などで補てんされた金額を引き、さらに10万円を差し引いて求めます。 控除額の上限は最高200万円です。

計算式を整理すると次のようになります。

ここで見落としやすいのが、所得が低めの人の足切り基準でしょう。その年の総所得金額等が200万円未満の人は、差し引く額が10万円ではなく「総所得金額等の5%」になります。 たとえば総所得金額等が150万円なら差し引く額は7万5,000円となり、医療費が10万円に届かなくても対象になる場合があります。所得が変動する個人事業主や、所得が少なかった年は、医療費が10万円未満でも一度計算してみる価値があるでしょう。

保険金などで補てんされる金額の引き方にも注意が必要です。高額療養費や出産育児一時金、入院給付金などで補てんされた金額は、その給付の対象になった医療費を限度として差し引きます。 医療費全体から一律に引くのではなく、対象となった医療費ごとに相殺するのがポイントです。たとえば出産で受け取った一時金は出産費用から差し引くもので、それと無関係なほかの治療費まで減らす必要はありません。

戻ってくる金額の目安も知っておくと、申告のモチベーションになります。医療費控除は所得控除のため、**一般に、戻る所得税の目安は「医療費控除額 × その人の所得税率」**です。加えて翌年度の住民税も軽くなります。所得税率は所得が高い人ほど高くなるので、同じ医療費控除額でも、所得税率が高い人ほど戻る金額は大きくなりやすいと言えます。

参考：国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」

共働き世帯は「誰の申告にまとめるか」で戻る金額が変わる

生計を一にする家族の医療費は合算して一人の申告にまとめられるため、共働き世帯ではどちらの申告にまとめるかで戻る金額が変わります。 「家族分を合算できる」ことは知っていても、どちらに寄せると得かまで踏み込んで考えている人は多くありません。

判断の軸は2つあり、状況によって向きが逆になります。一般論として整理すると次のとおりです。

基本は、所得税率の高い人にまとめると還付額が大きくなりやすい、という考え方です。 一方で、家族の中に総所得金額等が200万円未満の人がいる場合は、その人の足切り基準が10万円より下がります。そのため、医療費の総額が少ない年は、その人で申告したほうが対象になりやすいこともあるのです。どちらが得かは、その年の医療費の総額と、それぞれの所得・税率の組み合わせで変わります。

なお、同じ医療費を夫婦が二重に申告することはできません。一つの医療費は、どちらか一方の申告にだけ含めます。確認のしかたとしては、その年の医療費の合計と、夫婦それぞれの所得をもとに、両方のパターンで控除額と戻る税額を試算して比べるのが確実です。 金額が大きい年や判断に迷う年は、税理士に試算を依頼すると、有利な寄せ方を整理してもらえます。

参考：国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」

セルフメディケーション税制との関係は「選択適用」で、併用できない

市販薬の購入が多い人は、通常の医療費控除に代えて「セルフメディケーション税制」を選べる場合がありますが、両方を同時に受けることはできません。 どちらか一方を選んで申告する選択適用です。

セルフメディケーション税制とは、スイッチOTC医薬品等（ドラッグストアなどで買える特定の市販薬）の年間購入費が一定額を超えたときに使える、医療費控除の特例のこと。仕組みを整理すると次のようになります。

セルフメディケーション税制で見落としやすいのが「一定の取組」の要件です。この特例を使うには、その年に健康の保持増進や病気予防のための一定の取組（保険者が実施する健康診査、予防接種、定期健康診断、特定健康診査、がん検診など）を行っていることが条件になります。 健診や予防接種をまったく受けていない年は、市販薬をたくさん買っていてもこの特例は使えません。取組を行ったことを明らかにする書類は、令和3年分以後の申告では確定申告書への添付・提示は不要になりました。ただし、確定申告期限等から5年間は保管し、税務署から求められたら提示できるようにしておきましょう。

どちらが得かは、その年の医療費の内訳で変わります。一般的な使い分けの目安は次のとおりです。

確認のしかたとしては、まず通常の医療費控除の対象額が10万円（または総所得金額等の5%）を超えるかを見て、超えないときにセルフメディケーション税制を検討する、という順で考えると整理しやすくなります。 一度選んで申告した内容は後から変更できないため、申告前に両方を試算しておくと安心でしょう。

参考：国税庁「No.1129 特定一般用医薬品等購入費を支払ったとき（医療費控除の特例）【セルフメディケーション税制】」

参考：国税庁「No.1131 セルフメディケーション税制と通常の医療費控除との選択適用」

申請方法は「明細書の作成→確定申告書に添付→提出」の流れ

医療費控除を受けるには、「医療費控除の明細書」を作成して確定申告書に添付し、提出します。 かつて必要だった領収書の現物添付は不要になり、明細書での申告に変わりました。

申請の流れは次の4ステップで進みます。

明細書を書く負担を減らす仕組みも用意されています。医療保険者から届く「医療費のお知らせ（医療費通知）」に必要事項が記載されていれば、それを明細書の記載に活用でき、一件ずつ書き写す手間を省けます。 さらにマイナポータル連携を使えば、医療費通知情報を取得して、確定申告書を作成する際に該当項目へ自動入力できます。マイナンバーカードとマイナ保険証を活用している人ほど、入力を省力化しやすくなるでしょう。領収書の枚数が多い場合は、国税庁の「医療費集計フォーム」に入力・集計したデータを確定申告書等作成コーナーで読み込む方法も便利です。

領収書の扱いも押さえておきましょう。医療費の領収書は確定申告書に添付する必要はありませんが、記載内容の確認のため、自宅で5年間保存しておく必要があります。 提出しないからと処分してしまうと、後から内容を問われたときに困ります。申告後も保管しておいてください。

会社員が確定申告そのものに慣れていない場合は、e-Taxとマイナポータル連携の組み合わせが負担を軽くしてくれます。給与の源泉徴収票の内容や医療費通知を取り込みながら進められるため、紙で一から計算するより手早く、医療費控除だけのために確定申告するハードルを下げられるのです。

参考：国税庁「No.1119 医療費控除に関する手続について」

参考：国税庁「医療費控除を受ける方へ｜令和7年分 確定申告特集」

申告し忘れた過去の医療費は、5年さかのぼって取り戻せる

医療費控除を申告し忘れていても、還付申告は対象となる年の翌年1月1日から5年間できます。過去分をさかのぼって取り戻せるのです。 「去年の分を出しそびれた」「数年前に入院したが申告していなかった」という場合でも、まだ間に合うことが多いでしょう。

ここで注意したいのが、年をまたいだ合算はできないという点です。還付申告は1年ごとに、その年に支払った医療費でそれぞれ計算します。 複数年分の医療費をまとめて一度に申告するのではなく、各年分を別々に申告するわけです。たとえば一昨年と昨年の両方で医療費が多かった場合は、一昨年分・昨年分をそれぞれの年の申告として作成します。

個人事業主・フリーランスの場合は、毎年の確定申告に医療費控除を組み込めばよいため、申告し忘れは比較的起きにくい立場と言えます。ただし注意したいのが、医療費は事業の経費ではなく家事費（私的な支出）である点でしょう。事業の経費と医療費を混同して帳簿に入れてしまうと誤りになるため、医療費は所得控除として、事業所得の計算とは分けて扱います。 所得が変動する年は、総所得金額等が200万円未満なら5%の足切りで対象になりやすくなることもあるため、医療費が少なめの年でも計算してみる価値があります。

確認のしかたとしては、過去5年分の医療費の領収書や医療費通知が手元にあるかをまず確かめ、年ごとに合計して10万円（または総所得金額等の5%）を超える年がないかを見ていくと、取り戻せる年が見つかりやすくなります。

参考：国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」

医療費控除でよくある失敗と、その防ぎ方

ここまでのポイントは、裏を返せば「失敗が起きやすい場所」でもあります。よくある失敗の多くは、特別なトラブルではなく、集計や確認のひと手間で防げるものです。

どれも「よく分からないまま自己流で進めた」ときに起こりがちです。 集計の段階で、家族分・市販薬・補てん額の3点を意識し、対象かどうかは治療目的かで判断すれば、こうした失敗の多くは避けられるでしょう。金額が大きい年や、高額療養費・保険金との相殺が複雑な年は、確定申告全体とあわせて税理士に相談すると安心です。

【チェックリスト】医療費控除の申告前に確認したいこと

ここまでのポイントは、申告前の点検にそのまま使えます。明細書を作る前に、次のリストで抜け漏れを確かめておけば、控除のし忘れや計算ミスを防げます。

まずは領域ごとに、見るべき観点を整理しましょう。

次の項目を、自分の状況に当てはめて点検してください。

チェックの内容は、医療費通知やマイナポータル連携を使うと、より正確に確かめられます。 集計に自信が持てないときや、事業所得・高額療養費が絡んで複雑なときは、税理士に確認してから申告すると安心でしょう。

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まとめ

医療費控除のやり方で大切なのは、対象になる費用を「治療目的かどうか」で見極め、家族分や市販薬まで漏れなく集計し、保険金などを差し引いたうえで正しく計算することです。会社員は年末調整では受けられず確定申告が必要なこと、共働きはどちらの申告にまとめると有利か、通常の医療費控除とセルフメディケーション税制は選択適用であること。この3点を押さえておくと、払いすぎた税金を取り戻しやすくなります。申告し忘れた過去分も5年さかのぼれるので、領収書を確認し、本記事のチェックリストで点検してから申告しましょう。

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