年末調整とは？確定申告との違い・対象者・必要書類をわかりやすく解説

毎年秋になると、勤務先から「扶養控除等申告書」や「保険料控除申告書」の提出を求められます。会社員やパート・アルバイトにとっては毎年の恒例行事でしょう。ところが「そもそも年末調整とは何か」「確定申告と何が違うのか」「自分はどの書類を書けばいいのか」までは、意外とあいまいなまま提出している人が多いのではないでしょうか。従業員を雇う側にとっても、いつ何を集めて配り、どこへ提出するのかは悩ましいところです。

この記事では、年末調整の仕組みを「毎月の源泉徴収と年末の精算」という観点から整理し、確定申告との違い、対象になる人・ならない人、提出する必要書類、手順とスケジュール、そして従業員を雇う事業主側の実務までまとめます。あわせて、年末調整だけで終わる人と確定申告も必要な人を見分ける考え方や、令和7年の改正で何が変わったかも解説します。

年末調整とは毎月の源泉徴収で生じた所得税の過不足を年末に精算する手続き

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年末調整とは、給与から毎月差し引かれてきた所得税（概算）と、その年の正しい所得税額との差額を、年末にまとめて精算する手続きです。 毎月の給与から天引きされる所得税はあくまで「見込みの金額」にすぎません。1年間の収入や控除が確定して初めて、本来納めるべき税額が決まるからです。

会社などの給与の支払者は、給与を支払うたびに所得税および復興特別所得税を差し引いて国に納める「源泉徴収義務者」とされ、原則として給与等を支払った月の翌月10日までに国へ納付します。この毎月の天引き（源泉徴収）はあくまで概算のため、扶養家族の増減や生命保険料の支払いなど、その人の事情を完全には反映していません。そこで年末に正しい税額を計算し直し、払いすぎていれば還付され、足りなければ追加で徴収されるのが年末調整なのです。

年末調整の主な意味合いは次のとおりです。

多くの給与所得者は、会社が年末調整を行うことで所得税の手続きが完結し、自分で確定申告をする必要がなくなります。 ただし控除は、本人が会社へ申告書や証明書を提出して初めて反映される点に注意しましょう。書類を出し忘れると、受けられるはずの控除が反映されないまま税額が決まってしまいます。

参考：国税庁「No.2502 源泉徴収義務者とは」

年末調整と確定申告の違いは手続きの主体と対象範囲

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年末調整と確定申告は、どちらも「1年間の正しい所得税を確定させる」点では同じです。違うのは、誰が行うか・対象になる所得や控除の範囲・時期です。

いちばんの違いは、年末調整が「会社が代わりに計算してくれる」のに対し、確定申告は「本人がすべて計算して申告する」点にあります。 会社員でも、医療費控除やふるさと納税の一部、住宅ローン控除の初年度など、年末調整では扱えない控除を受けたいときは、自分で確定申告をすることになります。

両者は「どちらか一方だけ」とは限りません。年末調整で給与にかかる税額を精算したうえで、年末調整では受けられない控除を確定申告で追加する、というように両方を行うケースもあります。 自分がどちらに当てはまるのかは、後半の判定の考え方で整理しましょう。

年末調整の対象になる人・ならない人

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年末調整の対象になるかどうかは、勤務先に「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を提出し、年末まで在籍しているかが基本の判断軸です。 正社員だけでなく、要件を満たすパート・アルバイトも対象に含まれます。

国税庁の整理では、12月に行う年末調整の対象は「会社などに1年を通じて勤務している人や、年の中途で就職し年末まで勤務している人」です。一方で、対象とならない人もはっきり定められています。

勤務先に扶養控除等申告書を提出していなければ、たとえ在籍していても年末調整の対象にはなりません。 これは、扶養控除等申告書が「この勤務先を主たる給与の支払先とする」という意思表示を兼ねているからです。掛け持ちで働く人は、メインの勤務先1か所にだけ提出するのが原則と覚えておきましょう。

年の途中で行う年末調整の対象になる場合もあります。海外転勤などで非居住者になる人、死亡により退職した人、著しい心身の障害で退職し再就職が見込めない人などは、その時点で年末調整を行います。

自分が対象外だった場合や、複数の収入がある場合はどうなるのでしょうか。年末調整だけでは所得税が完結しないため、確定申告で精算することになります。 自分が対象かどうか迷うときは、勤務先の経理担当に「扶養控除等申告書を提出しているか」を確認するのが確実です。

参考：国税庁「No.2665 年末調整の対象となる人」

年末調整でできる控除と、確定申告が必要になる控除

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年末調整で精算できる控除と、年末調整では扱えず確定申告が必要な控除は、はっきり分かれています。この線引きを知っておくと、自分が確定申告まで必要かどうかを判断しやすくなります。

まず、年末調整で受けられる主な控除と、確定申告が必要な主な控除を整理しましょう。

生命保険料・地震保険料・配偶者・扶養・基礎控除などは年末調整で完結できる一方、医療費控除・寄附金控除・住宅ローン控除の初年度は確定申告でなければ受けられません。 医療費控除は、その年の1月1日から12月31日までに支払った医療費が一定額を超える場合に受けられる所得控除で、医療費控除に関する事項を記載した確定申告書の提出が必要とされています。年末調整では計算に含められないため、別途確定申告をすることになります。

iDeCo（個人型確定拠出年金）の掛金は「小規模企業共済等掛金控除」として年末調整で精算できます。一方、ふるさと納税はどうでしょう。ワンストップ特例を使えば確定申告が不要になりますが、寄附先が一定数を超える場合や、もともと確定申告をする場合は、ワンストップ特例ではなく確定申告で寄附金控除を申告します。

住宅ローン控除は、初年度だけ確定申告が必要で、2年目以降は年末調整で受けられます。 ここは間違えやすいところでしょう。初年度に確定申告をすれば、翌年からは勤務先に必要書類を出すことで年末調整に組み込めます。

参考：国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」

年末調整と確定申告の両方が必要になるケース

会社で年末調整を受けていても、それだけでは所得税が完結せず、確定申告も合わせて行う必要があるケースがあります。 自分が当てはまるかどうかを、状況別に確認しておきましょう。

確定申告が必要となる主なケースは、国税庁が次のように整理しています。

副業による所得が年20万円を超える人や、給与年収が2,000万円を超える人は、年末調整だけでは完結せず確定申告が必要になります。 一方、医療費控除やふるさと納税のように「年末調整で精算済みの税金を、さらに取り戻す（還付を受ける）ための申告」もあります。この場合は確定申告をしないと損をする可能性があるため、自分が該当しないかを確かめておきたいところです。

整理すると、確定申告が必要かどうかは「年末調整で扱えない所得があるか」「年末調整で受けられない控除を使いたいか」の2つで判断できます。判断に迷う場合は、国税庁の一次情報や税務署、税理士に確認すると確実でしょう。

参考：国税庁「No.1900 給与所得者で確定申告が必要な人」

年末調整で従業員が提出する必要書類と書き方

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年末調整では、従業員が勤務先へいくつかの申告書と証明書を提出します。自分の状況に応じて必要な書類が変わるため、「何を書けばいいか」を属性から逆算すると迷いません。

主な申告書は次の系統に分かれます。

これらの申告書には、生命保険会社などから届く控除証明書を見ながら金額を転記します。生命保険料控除なら保険会社発行の控除証明書、社会保険料控除なら国民年金の控除証明書、iDeCoなら小規模企業共済等掛金払込証明書を添えましょう。証明書に記載された金額をそのまま申告書の所定欄へ書き写すのが基本の流れです。

自分の状況からどの書類を書けばよいかは、次のように整理できます。

配偶者控除や扶養控除では、配偶者や親族の「その年の合計所得金額の見積り」を記載するため、見積りのズレに注意しましょう。 パート収入のある配偶者などは、年末にかけて収入が増えて見積りが変わることがあります。様式や記入方法は、国税庁の総合案内ページで様式とあわせて確認できます。

参考：国税庁「年末調整がよくわかるページ」

年末調整のやり方とスケジュール

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年末調整は、従業員が書類を提出し、勤務先が計算して12月の給与で精算するという流れで進みます。全体の時期を押さえておけば、書類の準備に慌てずに済むでしょう。

おおまかなスケジュールは次のとおりです。

控除証明書は秋ごろに郵送されてくるため、届いたら年末調整の時期までなくさず保管しておくことが大切です。 生命保険料控除証明書や住宅ローンの年末残高証明書などは、再発行に時間がかかることがあります。近年は控除証明書を電子データで受け取れる仕組みも広がってきました。勤務先がオンラインでの申告書回収に対応していれば、紙のやり取りを減らせます。

転職した人は、前職の源泉徴収票を現在の勤務先に提出する必要があります。前職分の給与を合算しないと、正しい年税額が計算できないからです。源泉徴収票が手元にない場合は、前職の会社に発行を依頼しましょう。

従業員を雇う事業主側の実務と外注の選択肢

従業員を雇う個人事業主や法人は、給与から所得税を天引きして納める「源泉徴収義務者」として、年末調整を行う側になります。いつ何を集め、配り、どこへ提出するかを押さえておくことが、年末の実務を滞らせないコツです。

事業主側の主な流れと提出期限は次のとおりです。

給与所得の源泉徴収票は、支払いの確定した年の翌年1月31日までに税務署へ提出することとされています。 税務署への提出範囲は、年末調整をした役員は給与150万円超、弁護士・税理士等は250万円超、その他は500万円超などと定められています。あわせて、給与支払報告書を従業員が住む各市区町村へ翌年1月31日までに提出しましょう。これは住民税の計算に使われる書類です。

事業主側の年末調整は、書類の回収・控除証明書の確認・年税額の計算・法定調書の作成と、短期間に作業が集中します。従業員数が増えてきたり、控除の種類が複雑になってきたりした場合は、税理士やクラウド給与ソフトに任せることで負担を大きく減らせます。 クラウド会計・給与ソフトと税理士を組み合わせれば、控除証明書の電子化、申告書のオンライン回収、法定調書の電子提出までを一括で進めやすくなります。年末調整を含む給与まわりの税務をどこまで外注するかは、自社の人数と手間を見て判断するとよいでしょう。

参考：国税庁「No.7411 「給与所得の源泉徴収票」の提出範囲と提出枚数等」

令和7年の改正で変わった点と読者への影響

令和7年（2025年）には、所得税の基礎控除や給与所得控除の見直し、特定親族特別控除の創設といった改正が行われました。「誰がどう得するか」「何を新たに書く必要があるか」を、自分の状況に当てはめて確認しておきましょう。

主な改正の内容は次のとおりです。

国税庁は、給与所得控除について「55万円の最低保障額が65万円に引き上げられました」と説明しており、これにより所得税がかからない給与収入の目安（いわゆる103万円の壁）が引き上げられました。アルバイトをする学生や、扶養の範囲で働くパートにとっては、これまでより収入があっても所得税の負担が生じにくくなる方向の改正と言えます。

新設された特定親族特別控除は、居住者と生計を一にする19歳以上23歳未満の親族（配偶者を除く）で、合計所得金額が58万円超123万円以下の人を対象とする控除です。 大学生など、これまで扶養控除の所得要件を超えてしまっていた子のアルバイト収入が一定範囲なら、新たに控除を受けられる可能性があります。年末調整でこの控除を受けるには「給与所得者の特定親族特別控除申告書」を勤務先へ提出しましょう。これらの改正は、原則として令和7年12月1日に施行され、令和7年分以後の所得税について適用されます。

控除額や所得要件は年度・改正で変わる項目が多いため、目安として把握しつつ、最新の数値は国税庁の一次情報で確認することをおすすめします。

参考：国税庁「令和７年度税制改正による所得税の基礎控除の見直し等について」

年末調整でよくある失敗と防ぎ方

年末調整の失敗の多くは、書類の準備や記載のひと手間で防げます。「出し忘れ」や「見積りのズレ」は、後から確定申告でリカバリできる場合もありますが、最初から防いでおくほうが手間がかかりません。

年末調整で控除を出し忘れても、多くの場合は確定申告（還付申告）で取り戻せます。 ただし、確定申告には手間がかかるため、年末調整の段階で漏れなく提出しておくのが効率的でしょう。控除証明書の紛失は再発行に時間がかかるので、紛失に気づいたら早めに発行元へ依頼してください。

特に注意したいのが転職者です。前職の源泉徴収票がないと、現在の勤務先で年末調整を完結できません。年の途中で転職した場合は、前職の源泉徴収票を必ず手元に用意しておくことが、二度手間を防ぐポイントになります。

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まとめ

年末調整とは、毎月の給与から源泉徴収された所得税（概算）と、その年の正しい所得税額との過不足を、年末に精算する手続きです。確定申告との違いは「会社が行うか、本人が行うか」「対象になる所得・控除の範囲」「時期」にあります。扶養控除等申告書を提出した給与所得者が対象で、生命保険料・配偶者・扶養・基礎控除などは年末調整で、医療費控除・ふるさと納税の一部・住宅ローン控除の初年度などは確定申告で受けます。自分の状況から必要書類を逆算し、控除証明書を忘れず提出することが、損をしないためのポイントです。令和7年の改正で変わった点や、両方の手続きが必要なケースも、最新の一次情報で確かめておきましょう。

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